Die Burg Flochberg wurde zur Sicherung der im Mittelalter viel benutzten Reichstraße zwischen den Messeorten Straßbourg und Nördlingen erbaut. Sie diente aber auch zum Schutz des Staufischen Schwaben, gegen die Welfischen Bayern.
Eine gleichnamige Adelsfamilie, nämlich Vlochperch erscheint urkundlich erstmals 1138.
1145 wird die Flochberg als “ Burg des Königs “ bezeichnet. Die Herren von Flochberg waren Staufische Ministeriale, die außer der Burg Flochberg die benachbarte Burg Waldhausen und die Stadt Bopfingen verwalteten.
Die Flochberg war der östlichste Stützpunkt der Staufer.
Nachdem im Kampf um Bayern, Graf Welf VI., 1150 die Staufische Burg vergeblich belagert hatte, kam es südlich davon zur Schlacht zwischen den Staufern und den Welfen, in der die Welfen entscheidend besiegt wurden.
In dem nach 1314 erbrannten Kampf, zwischen Friedrich d. Schönen v. Österreich und Ludwig dem Bayern, um die Herrschaft in Deutschland, wurde die Feste zerstört. Gleich nach dem Tod seines Gegners verlieh König Ludwig 1330 den Burgstall an die Grafen von Oettingen mit der Verpflichtung wieder eine Burg zu errichten, die 1347 als Pfand an die Grafen von Oettingen fiel.
1525 erfolglose Bestürmung der Burg durch aufständische Bauern.
Während des Schmalkaldischen Krieges 1547 verweilte Kaiser Karl d.Vf. kurze Zeit auf der Burg.
Nachdem die Burg Flochberg im 30 jährigen Krieg mehrfach den Besitzer wechselte wird sie von den Kaiserlichen besetzt. Dadurch erfolgte eine Belagerung durch die Schweden (05. – 15. April 1648). Die Burg wird gesprengt und eingenommen, die Flochberg ist wohl beschädigt, aber nicht zerstört. Die ausgedehnten Ruinen mit ihren hohen Mauern lassen die Größe und Stärke der alten Staufer Feste erahnen.
Die Anlage verblieb im Besitz der Fürsten des Hauses Oettingen – Wallerstein bis zum 12.07.2003 als sie an den Förderverein zur Erhaltung der Burgruine Flochberg übergeben wurde.